incf

Hackar hjärnan på Open Data Day

Av Anders Frick den 4 mars, 2017

Hackaton med fokus på den mänskliga hjärnan – det är Sveriges bidrag på Open Data Day, den internationella öppna datadagen idag den 4 mars 2017. Hackatonet hålls just nu på Karolinska Institutet i Stockholm.

For English version of this text – click here!

International Open Data Day är ett gräsrotsinitiativ med olika evenemang om öppna data runt om i hela världen. Dagen koordineras via e-postlistor och har arrangerats sedan 2010. I år hålls omkring 300 olika evenemang och drygt 100 av dem finns med på översiktskartan, som Open Knowledge International har skapat.

Ett av arrangemangen är Brainhack Global, ett internationellt hackaton inom neurovetenskap. På Karolinska institutet samlas dataintresserade hjärnexperter och hjärnintresserade dataexperter för två dagar fulla av presentationer, samarbete och kunskapsutbyte på distans.

– Vi tycker Brainhack är en bra möjlighet för den lokala neurocommunityn i Stockholm att träffas, se mer av vad andra jobbar på och påbörja nya samarbeten. De som utvecklar mjukvaruverktyg för forskning är ofta ‘osjungna hjältar’ som jobbar i ensamhet med små resurser, men de är väldigt viktiga för att föra forskningen framåt, säger Malin Sandström, som är Community Engagement Officer på International Neuroinformatics Coordinating Facility, INCF.

INCF är en global organisation som arbetar för att främja samarbete inom neurovetenskapen och för att få fler forskare att dela sina data och verktyg öppet med varandra. Organisationen har 18 medlemsländer och sekretariatet ligger i Sverige på Karolinska Institutets campusområde i Solna.

Brainhack arrangeras i år för första gången i Sverige och Malin Sandström säger att hon hoppas på två sociala och roliga dagar med nya samarbeten och nya idéer.

– Många av de forskare som är med är samtidigt mjukvaruutvecklare och utvecklar sina egna verktyg, eller vidareutvecklar andras. För de flesta som kommer till just det här Brainhacket är kodandet en sidoaktivitet bredvid experimentell verksamhet, säger hon.

Ett 20-tal personer deltar och en av de som också håller i arrangörstrådarna är neurovetenskapsforskaren Gustav Nilsonne, som brinner för open science och öppna data inom forskningen.

– På Brainhack pratar jag om varför öppna data är värdefullt och framförallt hur man kan göra för att publicera öppna hjärnavbildningsdata. Vi går igenom metoder såväl som frågeställningar om etik och liknande, säger Gustav Nilsonne.

Den tredje personen i arrangörstruppen är Anders Eklund från Linköpings universitet. Hans föredrag fokuserar på BIDS – ett strukturerat format för hjärnavbildningsdata som gör att man lätt kan genomföra olika analyser eller koppla ihop med appar, då under namnet BIDS Apps. BIDS är för övrigt på god väg att bli en standard och den utvecklingen har gått fort.

Några av de konkreta resultat som hittills har lösts under Brainhack i Stockholm är:

  • En grupp löste hur man gör för att köra BIDS på Windows
  • En annan grupp tog fram en lösning för att göra metaanalyser fördelade över år på neurosynth.org (tidigare kunde man bara göra metaanalyser över data från alla år samtidigt)
  • Och så skrevs ett script för att automatiskt påminna folk att det är deras tur att ordna journal club.

Fotnot: Förra året skickade USA:s teknikchef Megan Smith en uppskattad hälsning till alla involverade i Open Data Day. Se hälsningen här:

Etiketter: , , ,